İstanbul İl Özel İdaresi, Beylerbeyi Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığı binasının aydınlatma sistemini sağladı. Boğaziçi Köprüsü ayağının tam yanında yer alan tarihi yapı, İl Özel İdaresi’nin çalışmalarıyla aydınlık bir çehreye büründü ve Boğaz manzarasına seyirlik bir görüntü daha eklendi. Aydınlatma için 1812 Power Led ve 600 metre enerji kablosu kullanıldı.
Tarihin içinden günümüze miras kalan bu eseri, Taşınmaz Kültür Varlıklarının Korunmasına Ait Katkı Payı ile gelecek kuşaklara taşıyan İl Özel İdaresi, binanın dış cephe temizliğini de yaparak yıpranmışlığını giderdi. Tarihinde farklı birçok hizmette kullanılan yapı, Mızıka-yı Hümâyûn ve Hademe-i Hâssa daireleriyle Kırım Savaşı’nda hastane olarak faaliyet göstermiş; Osmanlı-Rus savaşında göç edenlerin iskân yeri olmuş. 1906 yılında ise, yanan Galatasaray Lisesi onarılıncaya kadar Galatasaray Lisesi tarafından kullanılmış.
II. Meşrûtiyet’ten birkaç ay sonra Selimiye Kışlası Kumandanlığı’na devredilerek, 1919 yılına kadar hastane olarak kullanılmış. Paşa dairesi, II. Meşrûtiyet döneminde bir süre karakol olarak da faaliyet göstermiş. Yerleşke içinde yer alan Kayıkhâne / Hamlacılar Koğuşu’nda ilk defa yedek subay yetiştirmek üzere, 1910 yılında “Beylerbeyi İhtiyat Zabitan Mektebi” açılmış. Binalar, II. Dünya Harbi tamamlanıncaya kadar “Beylerbeyi İhtiyat Zabitan Mektebi” ve “Sıhhiye Ecza Deposu” olarak kullanılmış.
Saray müştemilatı, II. Dünya Savaşı sona erince Kasımpaşa’daki Deniz Gedikli Erbaş Hazırlama Ortaokulu’nun yerleşim yeri ihtiyacını karşılamak maksadıyla büyük onarıma tabi tutulmuş. 1952 yılında Deniz Astsubay Hazırlama Ortaokulu adıyla eğitim ve öğretime başlanan okulun kapasitesini artırmak için, 1953 yılında Milli Saraylar’dan alınan arazilere dershane ve yatakhane binaları inşa edilmiş.
Paşa dairesi ile Kayıkhâne / Hamlacılar Koğuşu, Boğaziçi Köprüsü yapımı sırasında yıkılmış. 1972-2003 tarihleri arası Deniz Astsubay Hazırlama Okulu Komutanlık binası olarak kullanılan Mızıka-yı Hümâyûn ve Hademe-i Hâssa dairesi, 1 Eylül 2003 tarihinden itibaren Deniz Astsubay Hazırlama Okulu’nun kapanması ile Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığı komutanlık binası olarak kullanılmaya başlanmış.